彩幽大会前108天，城都地区事件结束，雷羽从正辉处得到消息，因为火岩队、水舰队的行动，固拉多、盖欧卡进入复苏的倒计时。
彩幽大会前105天，经过三天的航行，雷羽、娜姿、希罗娜、拉斐尔四人来到芳缘大陆。
彩幽大会前104天，雷羽再见正辉和巨大毒刺水母，但同时遭到水舰队的突袭，正辉受伤。
彩幽大会前102天，雷羽主动出击，带领娜姿和希罗娜一起袭击水舰队的秘密基地，捕捉到水舰队中级干部卡莎。通过娜姿的催眠，得知水舰队已经发现盖欧卡和固拉多休眠的位置，准备盗取深海潜水艇进入古代洞穴提前唤醒盖欧卡。
彩幽大会前100天，雷羽带着卡莎前往芳缘地区武斗镇神奇宝贝协会，向其提交关于此次事件的信息和线索，但该镇神奇宝贝协会的负责人其实是水舰队成员，卡莎被暗中释放，雷羽等人提供的信息和线索亦被销毁，未曾被上层得知。
彩幽大会前98天，雷羽生日，娜姿、希罗娜、拉斐尔三人为其庆祝。当晚，拉斐尔向雷羽告白，却被娜姿发现，未得雷羽回答。
彩幽大会前92天，火岩队干部橘京子接触雷羽等人，希望能够一起对付水舰队，雷羽拒绝，并尝试抓获橘京子，被其逃脱。
彩幽大会前90天，雷羽见到灾兽阿勃梭鲁，同日受到火岩队报复，被困隧道之中，拉斐尔受伤。
彩幽大会前88天，被困两天之后，在救援队和神奇宝贝的援助之下，雷羽等人脱困，拉斐尔被送入医院治疗，暂时脱队。
彩幽大会前85天，通过嘉儿的情报，雷羽等人对火岩队位于釜炎镇的重要据点进行了打击，摧毁该据点并夺得火岩队偷来的深海潜水艇控制核心。当日，为夺回控制核心，火岩队于深夜对雷羽等人进行攻击，被击退。
彩幽大会前80天，持续不断的袭击之下，雷羽等三人感到巨大的压力，三人分开行动，娜姿带着控制核心前往芳缘地区神奇宝贝协会总部，雷羽和希罗娜前往绿岭市。
彩幽大会前76天，四天之后，雷羽和希罗娜来到绿岭市，再见枫和南以及雷羽的外公外婆，同日，火岩队的攻击再来，但再一次被击退。但在战斗之中，火岩队发现红蓝宝珠的踪影。同日，撤退的火岩队干部向首领赤焰松报告红蓝宝珠的消息，赤焰松暂停对雷羽等人的报复，开始汇总关于红蓝宝珠的消息。
彩幽大会前72天，因为固拉多和盖欧卡即将复苏，陷入沉睡的古代神奇宝贝大规模开始苏醒，不计其数的古代神奇宝贝的出现，使芳缘地区陷入混乱。各地训练家纷纷开始和古代神奇宝贝的战斗。
彩幽大会前65天，前所未见的古代神奇宝贝群落在海中复苏，向芳缘地区大陆进军，正辉指挥巨大毒刺水母前往阻止，雷羽、希罗娜和娜姿也纷纷赶往海边，三人在正辉的船上汇合，与训练家联合一起指挥神奇宝贝阻止古代神奇宝贝踏足大地。但古代神奇宝贝数量巨大，众人的力量不足，危急关头，雷羽放生的铁螯龙虾，带领无数铁螯龙虾前来支援，暂时阻止古代神奇宝贝上岸之路。
彩幽大会前62天，训练家、神奇宝贝与古代神奇宝贝继续僵持，而经过沟通，雷羽了解古代神奇宝贝是感觉到大海中即将发生巨大的灾难，所以打算前往大地上进行避难。雷羽尝试说服古代神奇宝贝，无果。不得已之下，雷羽只能使用洛基亚的羽毛，召唤大海之神洛基亚。
彩幽大会前61天，洛基亚来到芳缘地区海域，与古代神奇宝贝进行沟通，说服它们改变方向向远洋离开。同日，水舰队隐藏在神奇宝贝协会的奸细偷走深海潜水艇的控制核心，火岩队突袭绿岭道馆，击伤枫和南，夺走红蓝宝珠。
彩幽大会前59天，返回大陆的雷羽得知这两个消息，大受打击，同时表示不再信任神奇宝贝协会，要以自己的力量和方式来对付火岩队和水舰队。同一时间段，火岩队和水舰队陷入蛰伏期，雷羽返回到城都地区，寻找超梦。
彩幽大会前55天，超梦再现，答应帮助雷羽对付火岩队和水舰队，以及超古代神奇宝贝。但雷羽和超梦也被火箭队发现，板木亲自出马，携带名为“个体二”的宇宙神奇宝贝代欧奇西斯，狙击雷羽和超梦。
彩幽大会前54天，雷羽和超梦在返回芳缘地区的航船上被板木拦截，经过苦战，雷羽指挥超梦击败板木指挥的代欧奇西斯，解救了代欧奇西斯，并告诉代欧奇西斯“个体一”的下落。
彩幽大会前50天，雷羽和超梦返回芳缘地区，娜姿、希罗娜、拉斐尔、正辉、小茂、小蓝前来迎接。
彩幽大会前46天，火岩队和水舰队重新开始活跃，制造火山爆发、海啸等灾难来增强超古代神奇宝贝的力量，加快其复苏速度。裂空座亦受到影响，开始活动，雷羽因此昏迷。
彩幽大会前40天，雷羽醒来，根据嘉儿提供的情报，一行人前往得文制造股份有限公司，保护唯一拥有潜入万米深度以下海沟的深海潜水艇，但迟了一步，深海潜水艇被火岩队成员盗走。
彩幽大会前39天，雷羽的外公外婆传来消息，说找到关于三神柱的线索。雷羽等人再次分开行动，希罗娜带领小茂、小蓝返回绿岭市研究三神柱的文献；雷羽则根据前世记忆，计划捕捉古空棘鱼前往深海洞穴阻止火岩队和水舰队。
彩幽大会前38天，火岩队和水舰队合作，使用深海潜水艇前往深海洞穴，计划零距离唤醒超古代神奇宝贝。雷羽等人，依然没有发现古空棘鱼的踪迹。
彩幽大会前37天，通过绿色宝珠，雷羽感觉到红色宝珠被激活，固拉多和盖欧卡的苏醒再无法阻止。绝望之时，洛基亚现身，带着雷羽、娜姿、拉斐尔、正辉四人潜入深海洞穴，欲在最后关头阻止火岩队和水舰队。可惜最终失败，激战之中，水梧桐从赤焰松手中夺走蓝色宝珠融入身体，获得控制盖欧卡的资格；赤焰松亦融合了红色宝珠，尝试控制固拉多。
彩幽大会前36天，超古代神奇宝贝固拉多和盖欧卡终于完全复苏，苏醒的超古代神奇宝贝，开始肆无忌惮地破坏，大地和海洋陷入混乱之中。裂空座同样开始急速苏醒，因为绿色宝珠的影响，雷羽再度昏迷，洛基亚只能带着四人离开深海洞穴。
彩幽大会前35天，赤焰松和水梧桐终于成功控制红色宝珠和蓝色宝珠，两人控制着固拉多和盖欧卡，欲图一决胜负，决出这个世界到底由大地还是海洋控制。为了阻止战斗，正辉指挥着巨大毒刺水母、娜姿指挥洛基亚尝试阻拦盖欧卡；各地的道馆训练家尝试阻拦固拉多。战斗中，巨大毒刺水母被盖欧卡咬掉半边身体死亡。
彩幽大会前34天，训练家们的努力只能暂时阻拦固拉多和盖欧卡前进的脚步，两只超古代神奇宝贝，象征着其力量的海水和熔岩，在未白镇交汇。
彩幽大会前33天，雷羽苏醒过来，希罗娜传来消息，找到三神柱沉眠的位置。雷羽、枫和南一组，希罗娜、小茂、小蓝一组，娜姿、拉斐尔一组，分别前往三神柱沉眠之地，打算唤醒三神柱，以封印超古代神奇宝贝战斗力量余波对世界的破坏。同日，盖欧卡和固拉多终于在未白镇开始了交锋。
彩幽大会前32天，三组成员成功收服三神柱，同日，感受到世界危机的梦幻、凤王出现在雷羽等人面前。
彩幽大会前31天，三神柱在未白镇布下巨大的结界，封锁了超古代神奇宝贝战斗的战场。小智等人也来到未白镇，娜姿指挥梦幻、希罗娜指挥凤王对抗固拉多；小智指挥洛基亚、拉斐尔指挥急冻鸟、枫和南指挥水君和钻石大钢蛇对抗盖欧卡。雷羽则是找到水梧桐和赤焰松的下落，准备取出红色宝珠和蓝色宝珠。经过战斗，雷羽成功从水梧桐和赤焰松的身上取出红色宝珠和蓝色宝珠。但被激活的红色宝珠和蓝色宝珠，与绿色宝珠共鸣，巨大的刺激，让裂空座醒来。
彩幽大会前30天，摆脱人类控制的固拉多和盖欧卡，并未平息心中的愤怒，反而因为被人类所控制的经历让它们更加愤怒，想要毁灭世界，两只超古代神奇宝贝决定摧毁生命之树。为了阻止固拉多和盖欧卡，雷羽不得不将红色宝珠和蓝色宝珠分别交给娜姿和希罗娜，让她们控制宝珠来对抗固拉多和盖欧卡。但被本能控制的超古代神奇宝贝，不受宝珠力量的控制，依然向着生命之树前进。希罗娜再度指挥凤王对抗固拉多，娜姿则指挥梦幻对抗盖欧卡。小智指挥洛基亚配合娜姿，小刚、小茂、小蓝指挥三神柱配合希罗娜，拉斐尔、小霞、枫和南等人也在一边配合。而雷羽感受到裂空座也已经苏醒，指挥着超梦前往天空阻拦裂空座。最后之战开始。
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